La Dirección Nacional de Servicios Policiales Fronterizos surge a través del reordenamiento de la Estructura Organizacional Administrativa y Operacional de la Secretaria de Seguridad y la Policía Nacional de Honduras, esto debido a la necesidad de Fortalecer el Sistema de Seguridad pública, a través del desarrollo de estrategias y la ejecución de acciones enfocadas en el resultado eficaz y eficiente en la lucha contra la violencia e Inseguridad.
El funcionamiento de esta Dirección corresponde al control de los pasos fronterizos del país con la colaboración de entidades del orden nacional como internacional, con el fin de elevar el nivel de seguridad fronteriza, logrando así el control de personas, vehículos, mercancías u otros bienes que salen e ingresan al territorio hondureño
Bajo ese contexto se desarrolla el presente Plan Operativo para el año 2018, donde se establece y sostiene metas y compromisos programados para ser ejecutados a corto plazo, los cuales requiere de dedicación para actuar con base en la observación del futuro, y una determinación para planear constante y sistemáticamente como una parte integral de la dirección, y de acuerdo con los Objetivos Estratégicos establecidos en el marco institucional de la Secretaría de Seguridad 2015 – 2022. como referentes para el planeamiento estratégico y operacional de la Policía Nacional.
El 16 de julio del 1999, se creó lo que fue la Dirección Nacional de Servicios Especial de Investigación (DNSEI) cuya competencia era la Investigación del crimen Organizado,  dentro de su estructura organizativa, contaba con la Unidad o Escuadrón de Frontera, quien realizaba el acompañamiento en las actividades operativas que realizaba las unidades de fuerzas especiales como; División de Contrabando y Defraudación, Lavado de Activos, Delitos Transnacionales, Policía Migratoria, trata de personas y antidrogas, obteniendo importantes resultados en ese momento. Posteriormente esta Dirección sufriría una seria de trasformaciones siendo una de ellas la fusión con la Dirección Nacional de Investigación Criminal (DNIC) y Dirección Nacional de Servicios Especial de Investigación (DNSEI) en el año 2013. La policía Nacional continua su lucha con el fin de reducir los niveles de impunidad e implementar una investigación criminal técnico-científica, nace en el 2015 una nueva dependencia la cual sería conocida como Dirección Policial de Investigación (DPI), absorbiendo todas las unidades que integraban la Dirección Nacional de Investigación Criminal (DNIC) y la Dirección Nacional de Servicios Especiales de Investigación (DNSEI).
No es sino hasta el 2016  y  oficializada en la GACETA No. 34216 del 21 de diciembre, aparece en el Organigrama de la nueva Estructura Organizacional de la Policial Nacional de Honduras, La Dirección Nacional de Servicios Policiales Fronterizos, Según propuesta presentada por el General Director Félix Villanueva Mejía, al Secretario de Estado en el Despacho de Seguridad y Presentada a la Comisión Especial de Depuración y Transformación de la Policía Nacional, quienes aprobaron mediante punto No. 4 del acta No.5 de fecha veintiséis (26) de abril del 2016.